19 августа 1997 года в день Преображения Господня собор был открыт как музей. В настоящее время он имеет статус государственного музея в составе ГБУК ГМП «Исаакиевский собор».
В 2004 году митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир (Котляров) попросил разрешения совершить Литургию в государственном музее-памятнике Спас на Крови. Администрация города и руководство музея дали положительный ответ и начались совместные подготовительные мероприятия музея и Санкт-Петербургской епархии. Со стороны музея отвечал за процесс подготовки директор музея Николай Викторович Нагорский, со стороны епархии - личный секретарь митрополита иерей Сергий Куксевич. В храме за десятилетия прошедшие с момента его закрытия не было ни престола, ни жертвенника, ни утвари, ни даже Царских врат.
23 мая, за несколько дней до Дня основания Санкт-Петербурга и 75-летия правящего архиерея состоялось торжественное богослужение в присутствии высоких государственных лиц, почётных граждан, представителей интеллигенции, многих выдающихся священнослужителей города, простых горожан. Митрополит Владимир служил эту Литургию так, что даже людям очень далеким от Церкви стало понятно, что они засвидетельствовали историческое событие.
В 2005 году 29 мая митрополитом Владимиром в Спасе на Крови была положена традиция совершения пасхальной Божественной Литургии в честь престольного праздника Собора. Отныне он стал де факто действующим. В 2009 году митрополит Владимир возродил традицию совершения панихид по Государю Императору Александру II. Впервые за более чем 70 лет на этом месте вновь раздались слова заупокойной молитвы.
С 2010 по 2013 гг. ключарём храма был игумен Мстислав (Дячина), на тот момент секретарь епархиального управления.
В 2012 году после восьмилетней кропотливой работы реставраторов музея было воссоздано уникальное ювелирное произведение – Царские врата Спаса на Крови, утраченные в 20-х годах ХХ века. 14 марта 2012 года, в день памяти Государя Императора, богослужение и освящение Царских врат совершил в то время викарий Санкт-Петербургской епархии, ректор Санкт-Петербургской Духовной Академии епископ Гатчинский Амвросий (Ермаков).
1 июня 2013 года настоятелем собора Спас на Крови назначен протоиерей Сергий Куксевич, секретарь Санкт-Петербургской епархии.
4 февраля 2017 года, накануне Недели о мытаре и фарисее и праздника Собора Новомучеников и исповедников Церкви Русской, настоятелем было совершено первое после закрытия в 1930 году Всенощное бдение. Собор зажил полной богослужебной жизнью.
Сегодня Спас на Крови является образцом уникального сосуществования под одной крышей государственного музея-памятника и действующего православного прихода.
Благодаря доверительному взаимодействию настоятеля и директора музея возрождается приходская жизнь. На Рождество и Пасху Христову детский хор поздравляет песнопениями клир и мирян, регулярно совершаются богослужения, проводятся крещения и венчания. Активно ведутся страницы прихода в социальных сетях. С 2024 года по благословению настоятеля отца Сергия проводятся благотворительные паломнические поездки для прихожан.
В Спасе на Крови пишется новая глава. Собор живет.
